两人取了结婚证还没有同居，婚检不合格的民政局会取消两人的婚姻关系吗？

你好 不会
根据《婚姻法》第十一条的规定，民政局只对“胁迫”的情形有撤销权。
婚姻法第十条明确规定，“（一）重婚的；（二）近亲关系的；（三）婚前患有医学上认为不能结婚的疾病，婚后尚未治愈的；（四）未到法定婚龄的”属无效婚姻。
在我国，有权宣告婚姻无效的机构是人民法院，除此之外的任何单位（包括婚姻登记机关）和个人都无权宣告婚姻无效。

只要不是近亲,民政局是没有权利判你们离婚的

不会的

那要看什么不合格？