没有结婚证有两个孩子想分开过怎么办

双方协商孩子的抚养问题，分开过即可。

你们没有领取结婚证，按照现行的《婚姻法》属于非法同居，不需要任何手续就可以分开。除非，你们同居生子时间早于1994年，则构成事实婚姻，需要法院判决。

不过，不论你们是否结婚，孩子的抚养义务是必须共同承担的，所以分手前要些协商好孩子的问题。