宝宝有出生证明，3岁了妈妈才领结婚证能上户口吗

可以的。
未成年人落户
必须提供：
（1）出生医学证明。
（2）计生部门出具的生育指标证明或计划外生育处罚完结证明。
（3）母亲所在单位或街道、乡（镇）、派出所关于未入户原因的证明。
（4）结婚证。
（5）其它可以说明情况的有效证明。

只要手续齐全，应该是可以的吧