我想离婚，对方不同意，两个结婚证都在他手里，怎么办

凭身份证到原登记机关申请补办或者要求出具你的婚姻状况证明，该证明与结婚证有同等法律效力，然后按照下列原则办理离婚。

如果是协议离婚，双方协商后，凭双方的离婚协议书、结婚证、身份证到原婚姻登记机关办理离婚手续，当时当场领取离婚证；
如果是一方不同意或签了离婚协议后反悔不履行的，那么应当通过诉讼离婚，在被告住所地法院起诉，或者在被告居住超过一年以上的所在地法院起诉,如果被告下落不明或者监禁1年以上的，可以在原告所在地法院起诉离婚。一审一般时6个月，二审时3个月。如果法院第一次判决不离的话，半年之后可以重新起诉，第二次起诉法院一般情况下应当判离。

分居一、两年就自动离婚了

这没有问题……到法院去就行了……时间可说不准